Fran Supek博士获得ERC Consolidator资助

今天，欧洲研究委员会 (ERC) 宣布向全欧洲的 321 名研究人员(其中 91 名是生命科学领域的研究人员)颁发联合基金。西班牙获得了总数中的 24 项赠款，在欧盟国家中排名第三。在这 24 个中，有 10 个已提供给加泰罗尼亚的中心。

IRB Barcelona 基因组数据科学实验室负责人兼 ICREA 研究员Fran Supek 博士已获得 ERC 联合资助，总额为 200 万欧元，用于在未来五年内开展 STRUCTOMATIC 项目。 Supek 博士的项目将专注于研究结构变异，这是一种影响很大的突变类型，涉及大 DNA 区域的修饰，可以同时改变多个基因的调控。结构变异，也称为重排，会导致癌症和某些其他遗传疾病，并可能在衰老中发挥作用。

特别是，结构变异参与晚期癌症的进展，例如转移性癌症。由 Supek 博士领导的研究人员 将重点研究这些变异在不同类型癌症中的作用，包括肺癌、前列腺癌、头颈癌、卵巢癌、食道癌和三阴性乳腺癌以及肉瘤。

“这项资助是一个很好的机会，可以增加我们对这种非常常见但研究很少的突变类型及其与癌症进化的关系的理解，” Supek 博士说。“ERC 的支持对像我们这样的实验室的整合产生了真正的影响，使我们能够专注于雄心勃勃、令人兴奋的科学问题，并发挥我们的最佳表现。对项目申请的严格评估意味着 ERC 是促进科学卓越的基准，”他补充道。今年，14.4% 的 ERC Consolidator 申请获得了理事会的资助。

应对结构变异的挑战

结构变异是大 DNA 片段的修饰。它们可以分为不同的亚型，例如倒位(当一个部分从 DNA 上分离并以相反的顺序重新连接时)、拷贝数改变(当特定片段被复制或删除时)以及导致基因融合的易位(当两个基因重新排列并最终形成一个新的)。第一个突破性的精准抗癌药物(伊马替尼/格列卫)被开发用于靶向重排——所谓的“费城染色体”——通过基因融合导致慢性粒细胞白血病。这种药物表现出显着的抑制癌细胞生长的能力，同时保留没有融合的健康细胞。除癌症外，某些类型的结构变异与其他遗传疾病有关，包括亨廷顿舞蹈病、

结构变异在癌细胞中很常见，它们通过对癌基因的影响来驱动肿瘤的发展。STRUCTOMATIC 项目将解决导致结构变异的突变机制(例如“复制压力”，通常发生在快速分裂的癌细胞中)。该项目将研究最易受此类突变影响的基因组区域，以及这些结构改变在癌症进展中的作用。特别是，该团队旨在确定作为癌症“驱动因素”的结构变异，这意味着它们会导致癌症生长并可能成为治疗目标，而那些仅仅是“乘客”对肿瘤影响不大。

短读与长读，一个由最新测序技术支持的项目

结构变异研究很少的原因之一是它们不容易从标准基因组测序数据中识别出来。有证据表明，人类基因组中三分之二的这些改变可能未被发现。为了克服这一限制，基因组数据科学实验室将使用一种新的测序技术，即所谓的“长读长测序”。最常用的测序技术称为短读，其工作原理是将基因组 DNA 分成小片段并同时“读取”它们。然而，短读取通常是模糊的，并且它们不能轻易定位(“映射”)到人类基因组的正确部分，因此这种标准技术在检测 DNA 重排方面受到限制。被认为是下一代方法，

除了基因组测序和计算分析外，该研究小组还将进行实验研究，并使用 CRISPR-Cas9 和 Cas12a 基因编辑通过关闭某些保护基因来修改培养的人类细胞。这些实验中的这种编辑将导致“复制压力”，就像在肿瘤中发生的那样，并在这些细胞的基因组中产生结构变异。通过对基因组进行测序，研究人员将复制压力的类型与基因组突变的各种模式联系起来，从而有助于揭示癌症中发生的过程。

这笔 ERC Consolidator 赠款将在未来五年内支持实验室，并允许雇用 5 名人员，其背景从博士生到博士后和实验室技术人员。它还将促进与来自欧洲多个国家(包括意大利、挪威和芬兰)的临床医生的合作，以及巴塞罗那当地的合作，包括与 Sant Joan de Déu Research前 IRB 巴塞罗那校友Alexandra Avgustinova 博士领导的小组的合作研究所。

2017 年， Supek 博士因其 项目 HYPER-INSIGHT 获得了 ERC 启动基金，该项目解决了 DNA 修复过程缺陷的人类细胞中体细胞突变的极端负担的作用。这是授予巴塞罗那 IRB 的第 23 笔 ERC 赠款：高级赠款 (7)、整合者赠款 (5)、启动赠款 (5) 和概念验证赠款 (6)。