研究人员使用已停产的创业公司Arivale的数据设计肠道微生物组多样性的血液测试

如果你想知道你的肠道微生物组正在发生什么，我们的肠道细菌群体与整体健康有关，有很多公司愿意提供帮助。你只需付钱给他们 - 并发送一个便便样本。

但事实证明，装瓶粪便并不是获取洞察力的唯一途径。在研究系统生物学研究所在西雅图(ISB)已制定寻找到与验血的微生物状态的新途径。

微生物创业公司近年来激增。一些人正在寻找针对特定疾病的药物发现，例如Finch Therapeutics和Maat Pharma。其他人，包括总部位于西雅图的Viome，正在向消费者直接销售微生物组的见解，以确保整体健康。

鉴于微生物组研究的相对早期阶段，批评者质疑肠道的有用见解。这就是为什么ISB研究人员决定专注于微生物的多样性。

“它本身的多样性和临床健康之间没有很好的相关性。但是有些具体案例似乎确实是一个巨大的风险因素，“ 与Nathan Price博士一起研究的Sean Gibbons博士说，该研究今天在Nature Biotechnology上发表。

Gibbons说，低微生物组多样性是复发艰难梭菌(C. diff)患者的一个强风险因素。C. diff是一种可能危及生命的细菌，在接受抗生素治疗后，将近三分之一的患者回来。

“获得这些反复感染对患者来说非常困难，”吉本斯说。“如果你可以避免这种循环，你不仅可以降低医疗成本，你实际上可以挽救生命并减少痛苦。”

C. diff患者可以用粪便移植治疗，但这些仅在抗生素治疗失败后进行。Gibbons认为，血液检测可以预先筛查患有复发C. diff的风险的患者，并避免疼痛的周期。

为了创建测试，研究人员严重依赖西雅图创业公司Arivale编制的数据，旨在帮助人们变得更健康，通过健康避免疾病。

4月份Arivale因未能找到高价服务市场而关闭。但是，共同创立Arivale和ISB的Lee Hood博士从初创公司中拯救了大部分数据和技术并将其带到了ISB。

该资源为Price和Gibbons提供了数百名前Arivale客户的大量数据，这些客户的微生物组测序和血液检测，以及其他测试。研究人员能够通过观察11种血液代谢物来训练模型，以预测哪些个体可能具有非常低的微生物组多样性。Arivale客户允许他们的数据用于研究，并且信息是匿名的。

Hood在一封电子邮件中告诉GeekWire，ISB研究是个人数据云如何为生物学和疾病提供新见解的“美丽例子”。

他们还发现了他们认为是肠道多样性的“金发姑娘区”。多样性低的人往往会出现腹泻和炎症，而那些多样性高的人往往便秘或血液中有毒素。

在Arivale的数据帮助下，ISB研究人员认为可以找到更多与微生物组相关的见解。“我们正试图建立一个真实的地图，可以为如何操纵微生物组提供可操作的见解，”吉本斯说。

该数据集的一个缺点是它倾向于白人，注重健康的人，他们更有可能成为Arivale的客户。“这有点偏颇，”吉本斯说。

在未来，ISB打算与Providence St. Joseph Health合作，这将使研究人员能够接触到更具代表性的人群。