更准确地分析肠道细菌以进行诊断

我们肠道中的微生物可能与某些疾病有关，例如老年痴呆症和糖尿病。来自AD-gut协会的研究人员开发了一种新颖的方法-结合光学DNA绘图和统计数据-可以准确区分和快速识别微生物群中的各种物种。

胃肠道细菌与阿尔茨海默氏病和糖尿病等疾病之间是否存在联系?最近的科学进展表明，这是一个值得探索的领域。

为了更好地探讨这种可能性，由约翰·霍夫肯斯(KU Leuven)教授，亚历山大·拉德诺维奇(Aleksandra Radenovic)教授(EPFL /工学院)，迪米特里·范·德维尔(Dimitri Van De Ville)教授(EPFL /工学院)和西奥·拉瑟(Theo Lasser)教授领导的团队/工程学院)联手开发了一个强大的统计框架，该框架将使DNA定位可用于基于微生物组的诊断中。相关研究论文已发表在NAR基因组学和生物信息学上。

研究人员表明，他们的方法可以有效地在阿尔茨海默氏病小鼠模型中正确鉴定来自已知肠道细菌哈维氏弧菌两条不同染色体的混合物的单条DNA链。这是一个复杂的挑战。该研究的共同作者之一拉斐尔·维塔莱(Raffaele Vitale)解释说：“现实生活中的样本包含数百万种细菌，我们通常只对其中的十二种感兴趣。” “通过我们的方法，我们可以在不需要单碱基水平分析或成本效益不高的环境中大大加快微生物组分析的速度。”

在DNA作图中，显微镜图像是由拉伸的DNA分子制成的，这些分子被荧光标记物专门标记，从而产生某种“ DNA条形码”。为了识别此类DNA条形码的来源，需要将其与从细菌的已知基因组序列生成的参考图进行比较。然后，分析方法会为这些比较中的每一个生成分数，并使用该分数计算每次匹配的可靠性的经验性p值。

到目前为止，最常见的微生物群落分析方法是寻找所有生命共有的基因，例如核糖体DNA。但是，该方法具有某些缺点，例如读数中的潜在偏差以及无法在密切相关的物种之间进行区分以及无法识别不具有这些基因的物种(例如噬菌体)。另一种选择是让研究人员对样品中的所有样品进行测序。但是这种方法在计算上非常密集，并且对于密切相关的物种也有麻烦。AD-gut联盟内部开发的新方法将使研究人员能够识别微生物物种 更快，更有效。